Mackenrode liegt in einem nordsüdlich gestreckten, trogförmigen Tal, das sich wohl durch Auslaugung großer, unterlagernder Salzlagen gebildet hat. Tonhaltige Sandsteine aus dem Röt (rund 240 Millionen Jahre alt) stellen den Untergrund des Dorfes dar. Zu dieser Zeit lag unser Gebiet sehr viel weiter südlich, das Klima war mit dem in der heutigen Sahara-Wüste herrschendem vergleichbar. Die Sandsteine bildeten sich aus Verwitterungsschutt von einem noch weiter südlich gelegenen und längst abgetragenen Gebirge. 10 Millionen Jahre später war dieser Bereich von einem tropisch warmen, flachen Meer überflutet, in dem sich die Kalksteine bildeten, die heute den Untergrund des Göttinger Waldes darstellen. Dieser erhebt sich mit einer augenfälligen Steilstufe bis zu einer Höhe von 427,5 Metern westlich von Mackenrode. Auch der markante Hengstberg im Süden besteht aus Kalksteinen dieser so genannten Muschelkalkzeit.

Heute wirken die Röttone, die den Göttinger Wald unterlagern, als eine Art Gleitschicht, auf der immer wieder – dramatisch im regenreichen Sommer 1958 – ganze Pakete des Göttinger Waldes abbrechen und ins Rutschen kommen. Dieses aktive Bergrutschgebiet kann im Bereich der Mackenröder Spitze besichtigt werden.